Klubem Stomil Olsztyn S.A. kierują zarząd oraz rada nadzorcza.
Zarząd
- Marcin Burza — Prezes Zarządu
- Marek Maleszka — Wiceprezes Zarządu
- Łukasz Bogdanowicz — Wiceprezes Zarządu
Rada Nadzorcza
- Jarosław Kukliński — Przewodniczący
- Paweł Czuryłło — Członek
- Radosław Borek — Członek
- Tomasz Dudziński — Członek
- Adam Kaczmarczyk — Członek