Najważniejsze sukcesy Stomilu Olsztyn — w piłce nożnej seniorów, młodzieży oraz w futsalu.
Ekstraklasa
- 6. miejsce w sezonie 1995/1996 — najwyższa lokata w historii klubu.
- Występy w Ekstraklasie — 1994/95, 1995/96, 1996/97, 1997/98, 1998/99, 1999/2000, 2000/01, 2001/02
I liga (dawna II liga)
- Występy — 1973/74, 1974/75, 1988/89, 1991/92, 1992/93, 1993/94, 2002/03, 2012/13, 2013/14, 2014/15, 2015/16, 2016/17, 2017/18, 2018/19, 2019/20, 2020/21, 2021/22
Puchar Polski
- Ćwierćfinał — 1998/99, 2000/01
- Wojewódzki Puchar Polski (woj. olsztyńskie) — 1970, 1973, 1976, 1982, 1988
- Wojewódzki Puchar Polski (woj. warmińsko-mazurskie) — 2008
Piłka nożna młodzieżowa
- Mistrz Polski juniorów — 1974
- Wicemistrz Polski U-17 — 2003
Futsal
- Mistrz Polski kobiet (U-16, U-14) — 2016
- Mistrz Polski mężczyzn (U-13) — 2021
- Mistrz Polski kobiet (U-17) — 2022